No se han encontrado en Aldea del Fresno restos arqueológicos que permitan determinar asentamientos, en el término, anteriores al siglo XII.

Tampoco se ha podido demostrar su fundación árabe afirmada por Marín Pérez: "no están conformes los cronistas acerca del origen de la aldea, pero de acuerdo con tradición y restos antiguos hallados en las excavaciones, lo dan como fundado por los árabes en el siglo XII y repoblado por los cristianos tres siglos más tarde".

Uno de los restos antiguos a los que puede referirse es, tal vez, la noria, que algunos autores identifican como de fecha anterior al siglo XII y cuyas ruinas se levantan al pie de la Iglesia, junto a la orilla del río Perales. La construcción, ahora catalogada con un nivel de protección de Grado 2, por las Normas Subsidiarias de Planeamiento 10, se levantaba sobre un gran zócalo de mampostería irregular del que arrancaba otro cuerpo del mismo material reforzado en sus esquinas con ladrillo visto.

Los primeros documentos escritos que mencionan población asentada en el término de Aldea del Fresno son los que se refieren, a comienzos del siglo XIII, a la aldea de Villanueva de Tozara , hoy despoblado situado en la Dehesa de El Rincón. El 21 de Noviembre de 1208 el rey Alfonso VIII vende al concejo segoviano la aldea de Villa de Tozara, con todos sus términos, por 2.500 maravedís.

El recién fundado Monasterio de Valdeiglesias, que agrupó en 1150 los dispersos eremitorios del valle del Alberche, estableció granjas, cultivó terrenos y creó lugares o aldeas, como los actuales núcleos de San Martín de Valdeiglesias, Pelayos de la Presa y Villa del Prado, nacidos al amparo de la actividad agrícola o ganadera dependiente de la abadía. Mientras San Martín de Valdeiglesias surge como centro cerealista, Pelayos de la Presa como centro lanero y pielero, y el Lugar del Prado del Alamín como vega hortícola, la aldea de Villanueva de Tozara (también llamado Lugar de Tozas, por la sierra del mismo nombre) se dedica a la explotación forestal.